El proyecto Continua Pirineum se gestiona conjuntamente entre la Comarca de Sobrarbe y el Syndicat Mixte des Vallées d’Aure et du Louron a través de la creación de una Comisión Paritaria de Concertación del Territorio Continua Pirineum, con representantes de ambas instituciones y que será la encargada del seguimiento y de la buena ejecución del proyecto y de asegurar su continuidad estableciendo un sistema de cooperación estable entre las dos regiones.
Esta Comisión estará formada por representantes políticos del SMVAL y de la Comarca de Sobrarbe así como de los técnicos de ambas instituciones. Para la consecución de sus objetivos y fines se reunirán alternativamente en La Casa Continua Pirineum española o francesa dos veces al año, existiendo la posibilidad de realizar reuniones extraordinarias convocadas por cualquiera de los socios.
El mantenimiento de los caminos y del balizaje tendrá igualmente un tratamiento conjunto con equipos de personal preparado para ello que controlarán y revisarán la red de rutas de Continua Pirineum cada año.
Además, los agentes de desarrollo de ambas partes de la frontera se reencuentran regularmente y a través de las NTIC se comunican sobre el avance del proyecto.