Le Projet Continua Pirineum est géré conjointement par la Comarca du Sobrarbe et le Syndicat Mixte des Vallées d´Aure et du Louron par l´intermédiaire de la création d´une Commission Paritaire de Concertation du Territoire Continua Pirineum, avec des représentants des deux institutions. Cette Commission sera chargée du suivi, de l´exécution correcte du projet afin d´assurer sa continuité, en établissant un système de coopération stable entre les deux régions. Elle sera constituée par des représentants politiques du SMVAL et de la Comarca du Sobrarbe, ainsi que par des techniciens des deux institutions impliquées dans le projet. Pour la réalisation de leurs objectifs et leur finalité, ils se réuniront deux fois par an, tantôt dans la Casa Continua Pirineum française, tantôt dans celle du Sobrarbe. Des réunions extraordinaires pourront avoir lieu. Elles seront provoquées par n´importe quel associé.
L´entretien et la signalisation des chemins seront traités conjointement par les équipes de personnel qualifié qui contrôleront et réviseront annuellement le réseau des Routes Continua Pirineum.
De plus, les agents du développement français et espagnols se réuniront régulièrement. C´est par le biais des NTIC qu´ils se tiendront au courant de l’avancement du projet.